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由最高人民法院于2001年8月9日公布并于9月18日起施行的《关于海事法院受理案件范围的若干规定》，是我国因应加入WTO的现实而采取的一项重大司法举措。该文件第40条、第41条规定，海事行政案件、海事行政赔偿案件由海事法院专属管辖；第60条规定，海洋、通海水域行政主管机关依法申请强制执行的案件，由海事法院专属执行。这一规定使海事法院平添了行政审判权，因而是对专业法院不得管辖行政诉讼案件旧规定的重大突破。该文件的颁布施行，使海事法院的
一、海事行政诉讼的基本特征
海事行政诉讼是指从事海洋运输、生产等活动的行政管理相对人不服海洋及通海水域行政管理机关（以下简称海洋行政机关）的具体行政行为，或不服该机关的复议决定，在法定期限内向海事法院起诉，由海事法院根据法定程序对该海事行政争议进行审理和判决的司法活动。
海事行政诉讼的原告是从事海洋运输、海洋渔业生产、海岸带开发、大陆架及海底勘探开发等活动，受海洋行政机关监督和管理的行政相对人。海洋行政法律关系与其他行政法律关系一样，相对人处于被管理和服从的地位，无权自行否定具体行政行为的效力和拒绝履行，当认为具体行政行为侵犯其合法权益时，只能通过法律赋予的救济手段，如要求行政复议或提起行政诉讼等来保护其合法权益。中国或外国的自然人、法人、合伙组织、社会团体和其他组织从事海洋运输、渔业生产、海岸带开发等经营活动，与海洋行政机关发生监管与被监管关系时，都拥有作为海事行政诉讼原告的资格。行政机关原则上应专司行政管理活动，而不得从事上述生产经营，因而行政机关不可能成为海事行政诉讼的原告。这与海关行政诉讼不同，行政机关可能因为种种事由进出关境而与海关发生管理与被管理关系，成为海关法律关系中的行政管理相对人，故而在海关行政诉讼中，行政机关在特定情况下是可以作为原告起诉的。
海事行政诉讼的被告具有恒定性，即被告只能是海洋行政机关。在我国，海洋行政机关主要有：（一）代表政府统一行使航务行政管理权、主管水上交通安全监督、参与海洋环境保护监督的海事局（原港务监督机关）；（二）监督管理渔业水上交通安全、预防和减少渔船交通事故、维护渔业劳动者生命财产安全的渔港监督机关（渔监）；（三）维护渔港及渔业水域正常生产秩序的渔政管理机关（渔政）；（四）管理国家海域有偿或无偿使用的主管机关海洋局（或海洋管理办公室）；（五）其他的海洋行政机关，如对海洋及通海水域的水体污染事件具有监管职能的环保局、通海水域人民政府下设的水利局、水产局或其他水行政主管机关、基层人民政府等等。上述海洋行政主管机关代表国家行使对海洋和通海水域的行政管理权，且以国家强制力为后盾行使职权，实行依法行政、政务公开和政务透明的原则。当发生海事行政争议时，倘若海洋行政机关认为自己的行为是错误的，则有权更改或撤销；倘若认为是对的，则可以要求相对人履行，也可以依靠国家强制力量，依法强制或申请海事法院依法强制相对人履行。因此，在海事行政争议中，国家已经赋予了海洋行政机关解决争议的能力，再无必要作为原告提起行政诉讼、请求司法权的保护。这里必须明确，海洋行政机关作为行政诉讼的被告，并不意味着其实施的具体行政行为必然违法而败诉，胜败与否取决于海事法院对案件事实的查明和依法审判。
海事行政诉讼是相对人认为海洋行政机关及其工作人员的具体行政行为侵犯其合法权益而提起的，对国务院及各级人民政府的抽象行政行为，以及对海洋行政机关工作人员的奖惩、任免等决定不服的，不得提起行政诉讼。抽象行政行为实质上是海洋行政机关的行政立法行为，这种行为只能接受上级行政机关和立法机关的审查，我国宪法没有授予海事法院类似于违宪审查权的权力，法院不能干涉这种抽象行政行为。对海洋行政机关工作人员的奖惩、任免等决定是该机关管理其内部事务的行政行为，其监察权由相应的人民政府行使，不属司法审查的范围。
二、海事行政诉讼与海事行政复议的关系
海事行政复议是指相对人对海洋行政机关的具体行政行为不服，申请有管辖权的行政机关依照法定程序重新审查，由有权机关作出撤销、变更或维持原具体行政行为的整个行政司法过程。海事行政诉讼与海事行政复议作为法律规定的救济手段，其目的具有一致性，即都是为了维护和监督海洋行政机关依法行使海洋及通海水域的监管职权，保护相对人的合法权益。但同时两者又有显著的如下区别：
第一，性质不同。海事行政诉讼是由司法机关即海事法院通过司法程序解决海事行政争议，属于司法监督活动或司法保护活动。海事行政复议是带有司法活动特征的行政管理，亦即是带有司法性质的一种准司法活动，实质上还是海洋行政机关的一种具体行政行为。有鉴于此，根据司法管辖高于行政管辖的原则和司法最终解决的原则，相对人不服海洋行政机关行政复议的，在法定期限内都可以向海事法院提起海事行政诉讼，寻求司法保护。特别值得一提的是，根据最高人民法院的规定，自2001年9月18日起，海事行政诉讼案件即成为海事法院的专属管辖范围，普通人民法院没有管辖权，且该类行政诉讼案件的二审机关并非有关高级人民法院的行政审判庭，而是审理海事法院海商、海事上诉案件的民事审判庭。关于在海事法院内部是否增设海事行政审判庭的问题，全国人大及最高法院未有定论。笔者认为，以目前海事行政案件的比例，以不设专门的行政审判庭为妥，可在海商庭或海事庭内设立一个人员较为固定且行政法律素养较高的行政案件审判合议庭，专司海事行政案件审判工作；待该类案件大幅上升时再考虑设立专门的海事行政审判庭。
第二、适用程序不同。海事行政诉讼适用《中华人民共和国行政诉讼法》规定的诉讼程序，具有公正、严谨的优点，而且海事法院处于海洋行政机关系统之外，根据所谓“任何人不得为自己案件的法官”的原则，从程序公正角度讲，法院更能作出客观公正的审判。海事行政复议适用《中华人民共和国行政复议法》及有关的行政复议实施办法等规定的程序，具有简易、方便和高效的优点，能保证海事行政纠纷得到及时、迅捷的解决。实践证明，加强海事行政复议工作，一方面可以使大多数行政争议得到快速解决，另一方面又可减轻海事法院的受案压力，节约有限的审判资源。
第三，审查的范围不同。在海事行政诉讼中，海事法院一般只能审查海洋行政机关的具体行政行为是否合法，而该行为是否适当则不属司法审查的范围，因而海事行政诉讼的结果，原则上只能是维持或撤销引起争议的海事具体行政行为，而不能变更原具体行政行为。在海事行政复议中，复议机关享有全面、广泛的权力，可以维持、撤销或变更原海洋行政机关的具体行政行为。从复议机关可以变更属于原海洋行政机关自由裁量权范围内的事项这一点看，海事行政复议实质上也是一种具体行政行为。
三、海事行政应诉
海事行政应诉是指海洋行政机关在接到海事法院应诉通知书后，以被告身份参加海事行政诉讼，依法享有诉讼权利，承担诉讼义务，以证实和维护所实施的具体行政行为合法性的活动。
在海事行政诉讼中，海洋行政机关不能作为原告起诉，也不能反诉，只能以被告身份应诉。海洋行政机关作被告，只表明在诉讼中该机关的特定身份和法律地位，那种认为当被告不光彩的习惯意识是错误的。海洋行政机关应诉是在法庭上接受司法监督、检验其具体行政行为是否合法的公务活动，目的是确保海洋行政机关依法行使监管职权，维护国家的海洋及通海水域法制秩序、行政管理秩序。对于合法的海事具体行政行为，法院依法判决维持，使该行为得到司法权的确认，因而更具有权威性，执行起来更加顺利。对于违法的海事具体行政行为，法院依法判决撤销或部分撤销，这与海洋行政机关依法监督管理的工作原则是完全一致的，因而也是必须的。所以，海事行政诉讼是保证海洋行政机关依法充分行使职权，有效进行海洋及通海水域监管的一种司法活动，海洋行政机关应配合海事法院的司法监督工作，积极应诉。
海洋行政机关在行政应诉活动中，应依法充分、正确地行使以下权利：（一）答辩权。答辩权是作为被告的海洋行政机关对原告提出的诉讼理由进行回答和辩驳的权利。海事法院立案后5日内将起诉状副本发送海洋行政机关，该机关应在收到副本之日起10日内向法院提交作出具体行政行为的有关材料，并提出答辩状。答辩状应针对海洋行政相对人提出的诉讼理由进行回答和辩驳，陈述事实应客观、真实，援引法律、法规、规章应准确、适当。不提交答辩状，属于对自身诉讼权利的放弃，不影响海事法院对案件的审判。但是，放弃答辩权，不对其合法行政行为予以有理有据的充分说明，显然会增加败诉风险，不利于海洋行政管理权的维护和行使，因而面对被诉行政行为，应以积极答辩为妥。在案件审理过程中，海洋行政机关还有用书面和口头方式进行辩论的权利。（二）委托诉讼代理人代理诉讼的权利。海洋行政机关法定代表人委托他人代理诉讼时，应向法院提交委托书，并列明委托权限。诉讼代理人最好是既懂法律又熟悉海洋运输、渔业生产、海岸带开发等行政管理业务的律师。代理律师的专业化分工已是大势所趋，加入WTO后将更进一步强化这种分工，因而聘请专业律师代理诉讼可能会事半功倍。诉讼代理人在授权范围内的一切诉讼活动，对海洋行政机关具有法律效力，不得因为诉讼结果对自己不利而否认代理人的代理行为。（三）有申请诉讼保全的权利。当海洋行政机关认为在诉讼过程中，可能因为原告一方的故意行为或其他原因而造成法院判决不能执行或难以执行时，其有权在判决作出前，请求法院对原告的财产采取查封、扣押、冻结等强制措施。（四）在第一审判决、裁定宣布前，海洋行政机关有撤销、变更所作出的具体行政行为的权利。提起海事行政诉讼的目的在于纠正违法的具体行政行为，保护原告的合法权益。海洋行政机关主动纠正违法的具体行政行为，同样可以达到这个目的，而且还可以大大缩短诉讼时间，因而为法律所允可、提倡和鼓励。在应诉过程中，海洋行政机关还享有申请回避、查阅并申请纠正庭审笔录、提起上诉、申请法院强制执行已生效的判决、裁定等方面的诉讼权利。
在行政应诉活动中享有广泛诉讼权利的同时，海洋行政机关还应承担相应的如下诉讼义务：（一）对争议的海事具体行政行为负有举证责任，有义务提供作出该具体行政行为的证据和所依据的规范性文件；（二）在诉讼过程中，应遵守诉讼秩序，服从法庭指挥，尊重对方当事人和其他诉讼参与人的诉讼权利；（三）按照海事法院要求，提供和补充证据；（四）自觉履行海事法院发生法律效力的判决、裁定。